قرنطینه یا قَرَنطین به معنی محدود کردن اجباری به منظور جلوگیری از فراگیر شدن بیماری یا عامل خطرساز است. قرنطینه به طور معمول در مورد انسان‌ها انجام می‌شود. ولی در پاره‌ای موارد برخی جانوران نیز قرنطینه می‌شوند.
نخستین اشاره به قرنطینه، به کتاب سفر لاویان مربوط به دوران شاهنشاهی هخامنشی است.
کنترل برخورد انسان‌ها برای جلوگیری از فراگیر شدن بیماری در جوامع بشری پیشینه‌ای کهن دارد. در عهد عتیق اشاراتی به این کنش شده‌است.
در اسلام
مرتضی مطهری در کتاب انسان و سرنوشت درباره رعایت قرنطینه اختیاری در گذشته، نوشته: پس از آنکه عمر بن خطاب اطلاع پیدا کرد که در شام طاعون آمده و تصمیم گرفته وارد شهر نشود ابوعبیده جراح به او اعتراض کرد که: آیا می‌خواهی از قضا و قدر الهی فرار کنی: عمر پاسخ داد: عبدالرحمن بن عوف روایت کرد که از رسول خدا شنیده است که اگر در شهری طاعون پیدا شد و شما در آن شهر بودید از آن شهر خارج نشوید. ولی اگر در شهری پیدا شد و شما در خارج آن شهر بودید داخل آن شهر نشوید. مطهری سپس توضیح داده که چون در آن هنگام، قرنطینه وجود نداشت برای جلوگیری از همه‌گیری بیماری، مردم مبتلا به طاعون، رعایت حال مردم جاهای دیگر را بکنند و از شهر خارج نشوند و به جای دیگر نروند.